不同的企业应该申请哪些类型的质量管理体系认证(ISO-xxxxxxx)？版本越高的越好吗？

ISO9001是最基本的质量管理体系，它适合所有行业和所有有顾客的组织。
其他的还有：
环境管理体系：ISO14001
职业健康安全管理体系：OHSAS18001 
汽车行业：ISO/TS16949
食品行业：ISO22000 、 HACCP
医疗器械行业：ISO13485
通信行业：TL9000
建筑行业：GB/T50430
石油行业：API Spec Q1
酒店行业：GB/T14308
铁路行业：IRIS
各行业的质量体系认证有的可以代替ISO9001，有的不能完全替代。
惯例是如果能代替ISO9001就只做一个认证就行，例如ISO/TS16949、TL9000、IRIS；如果不能完全替代可以做两个认证，一个行业认证一个质量体系认证；如果没有行业专用的认证，只做ISO9001就够了。
另外：版本越高越新越全面而已。