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戴哲浩 - 生竞狗
推荐来自: Joker 、Joey 、夏墨
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1 个回答
戴哲浩 - 生竞狗
推荐来自: Joker 、Joey 、夏墨
瞬间感觉自己成渣了……
链接:http://www.stbioinf.com/2013/08/02/An-Introduction-of-NGS-Sequence.html
-并没有什么卵用的分割线--并没有什么卵用的分割线--并没有什么卵用的分割线--并没有什么卵用的分割线-
以下为原答案(坑还没填完5555)
有错请打脸,最好疼一点
第一代测序:
基于双脱氧链终止法的古老技术(当然准确性挺好,据说有一些公司还在用来测一些比较短的序列)
由Sanger(两块诺奖大神,第一次蛋白质的测序--胰岛素的51个氨基酸序列,和第一次DNA的测序都是他老人家做的,简直了!)发明,并广为流传(包括试卷上)
主要局限于不能测很长的(超过1000bp 的)DNA片段
(然后就让鸟枪法这一干翻六大科技大国的蜜汁技术出现了!)
主要缺点是---
1.太贵
就算是荧光标签代替了放射性标记,用毛细管电泳代替了普通平板电泳,再加上各种优化,但是,每一千个碱基对还是要0.5美元。
什么?你说不算很贵?
那请土豪君给自己用Sanger法测一次序,要知道人有大约有30亿个碱基对哦!
小学数学应用题第一题:
土豪君想要给自己的30亿个碱基对测序,
已知一千个碱基对0.5美元,
请问土豪君最少需要多少钱?
正确答案:一百五十万美元
淡然,这比人类基因组计划一个碱基对一美元已经便宜多了(某大国们哭晕在厕所里)
什么,你说你不差钱?
那你的时间够多么?(也就是下一个缺陷)
2.太慢
现在的Sanger 法测序可达到每机器每秒24个碱基,那么问题来了……
小学数学应用题第二题:
由于富豪们太多了,土豪君只抢到了一台测序仪,
已知这台机器每秒能读24个碱基对,
如果土豪君想要给自己的30亿个碱基对测序,
请问土豪君最少需要多少时间?
正确答案:1,446.75925926天=四年
如果土豪君是因为某些疾病急需知道自己的遗传信息
只能祝土豪君长寿了....
综上所述:
第一代测序技术的优势在于:
1.原理简单,入门低
2.普及率广
3.比较靠谱(准确度高)
4.单次读长较长
缺陷也很明显:
1.价格高
2.通量低
对于第二代及其以后的技术,放一张福利图
图片来源:现代分子生物学 朱玉贤 第四版(以下部分图片来源相同,不再赘述)
(像素渣,见谅)
第二代测序
为了生命科学事业的发展(毕业论文早发表),
为了人类生活水平的提高(自己钱包鼓起来),
无数生命科学开拓者一往无前,加班加点,
在老板的辛勤领(ya)导(zha)下,
很快开发了第二代的测序技术,
其中最广为人知的就是454系统和Illumina公司的Solexa
(其实都差不多,不过据说454系统基本没人用了,而Illumina公司逐渐成了行业巨头,听说最近又有新测序仪推出来了)
相对于上一代测序技术,第二代测序技术的改进点在于
1.体外构建测序文库
2.体外扩增测序模版
3.高密度的矩阵化测序
简单来说 就是
1.把细胞干的事(生物学角度的),用最简单的生化反应完成(化学角度的)
因为第一代测序用的是细菌克隆培养扩增待测样本,但是细胞中不仅要进行DNA的合成,还有很多维持自身代谢所必需的生化反应,这就使得人们要花更多的钱买试剂。而二代测序的体外环节,相当于只发生了它想要的生化反应,因而部分降低了成本
2.把能同时干的事一块干 (平行化)
这个就相当于团购(雾),一方面降低成本,另一方面还大大加速了测序速度
3.机器能干的别让人干(自动化)
人嘛,
一方面总会疲劳,总会出错,
另一方面干活慢,无法量化 ,
最重要的是
,
,
,
居然还要领工资(尽管金额感人)
总而言之,与其让他们干活,还不如让他们去伺候机器老爷(大雾)
因而, 自动化的出现,大大加快了测序速度,提高了结果的准确性,降低了测序成本
而上述三者的前提离不开两种神奇的扩增方案,一种叫乳胶PCR(454平台) ,一种叫桥联PCR(Illumina公司)
福利图又来了
再来一张第一二代测序技术的流程对比图
(坑已经填了一半了,改天回来再填)