Sublime Text 3 能不能在更改文件名的时候同时更改所有引用该文件位置？

在一定约束下可以。在人理解文件内容的情况下，这样的需求一般可以通过批量替换来解决。
 
但在通用下不行。举个例子，一段读取 file1.txt 的内容的 C 语言程序，当我们在 Sublime Text 3 中修改某个 file1.txt 文件的名字时，它是不知道 C 源文件中 file1.txt 是否是你修改的那个的。
 
就是说，虽然她作为一个以通过插件扩展功能编辑器，但它无法确切理解文本中一段字符的语义和引用。
 
虽然且所以它很快。