二次元是指什么样的人，有什么样的隐藏含义，在什么情况下称呼他？

不是很理解你发现的“二次元在大学里变成了对某些人的称呼”具体是指哪“某些人”。
 
但作为一个曾经的二次元狂热者，现在的脱宅大学狗，就我个人而言，会称以下这类人为二次元：
不仅中二，还脑残。
 
他们不仅仅二次元狂热，还有着不知哪来的优越感，给自己划定了一个坚不可摧的小圈子，名为【真·奥义·死宅】。不是骨灰级别（他们大概也不会用“骨灰”这个词...）的动漫爱好者会被他们界定为【伪·二次元党】，并且极度鄙夷之：卧槽你居然还在看这种民工漫么？！卧槽你都不知道空知猩猩么？！啧啧啧你怎么连药王都不知道....
 
脱宅太久举不出例子……总之，二次元用来形容人时，是个贬义词。