对于用终止密码子编码氨基酸的生物，如何确保其翻译的终止呢？

维基百科“密码子”词条里提到，有：

所以我觉得大约题目的第一句是写反了……
 
另外有文献提到了

 膜虫 Tetrahymena 和草履虫 Paramecium 细胞中 UAA 和 UAG 编码谷氨酰胺，仅 UGA 作为终止密码子；
 在八肋游仆虫 Euplotes octocarinatus 细胞中 UAA 或 UAG 作为终止密码子，而 UGA 编码半胱氨酸。
（Meyer F, Schmidt HJ, Plumper E, et al. UGA is translated as cysteine in pheromone 3 of Euplotes octocarinatus. Proc Natl Acad Sci USA, 1991, 88(9): 3758−3761. ）

可以看出，对于少数例外的情况，密码子的使用稍有不同，而且在各个物种间也不一样。
 
相对应的，部分生物的释放因子在识别终止密码子的机制上与高等真核生物也是具有一定的差异的。
（Lekomtsev S, Kolosov P, Bidou L, et al. Different modes of stop codon restriction by the Stylonychia and Paramecium eRF1 translation termination factors. Proc Natl Acad Sci USA, 2007, 104(26): 10824−10829.）
（Kim OT, Yura K, Go N, et al. Newly sequenced eRF1s from ciliates: the diversity of stop codon usage and the molecular surfaces that are important for stop codon interactions. Gene, 2005, 346: 277−286. ）（Chai BF, Song L, Fu YJ, et al. Interaction of two classes of release factors from Euplotes octocarinatus. J Genet Genomics, 2004, 31(5): 460−467. ）
（Seit-Nebi A, Frolova L, Kisselev L. Conversion of omnipotent translation termination factor eRF1 into ciliate-like UGA-only unipotent eRF1. EMBO Rep, 2002, 3(9): 881−886.）
（Muramatsu T, Heckmann K, Kitanaka C, et al. Molecular mechanism of stop codon recognition by eRF1: a wobble hypothesis for peptide anticodons. FEBS Lett, 2001, 488(3): 105−109.）
（Fan-Minogue H, Du M, Pisarev AV, et al. Distinct eRF3 requirements suggest alternate eRF1 conformations mediate peptide release during eukaryotic translation termination. Mol Cell, 2008, 30(5): 599−609. ）
 
简而言之，使用不同的密码子对应的生物，不但其密码子对应不同，可能起始因子、释放因子等一系列核糖体蛋白都会和较为高等的生物通用的不相同。
 
不是做这个的，能找到的资料比较有限，希望能给你提供一些启发。